2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。
连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
治脾宜升，治胃宜降，相济为用
《素问，六微旨大论》云：“气之升降，天地之更用也……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危，故非出入，则无以生长壮老已，非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。”连老认为，气机之升降各有所主，与肝、胆、脾、肺、胃均有关。通过升降，脏腑各尽其职，气血津液得以敷布，废物糟粕及时排出，但以脾胃为升降之枢纽，正如东垣所云：“脾为太阴之脏，恶湿喜燥，燥则脾之清气上升，以煦心肺，心肺和煦则下济肝肾；胃属阳明之腑，恶燥喜润，润则胃之浊气下降，以濡肝肾，肝肾濡润则上滋心肺。”脾主运化，其性主升，清阳得以上达上窍；胃主受纳腐熟，其性主降，水谷入胃得以下行，是故《临证指南医案》云：“脾宜升则健，胃宜降则和。
若脾胃升降乖常，则出现“胃病者，腹顶胀，胃脘当心而痛，上支两胁，膈咽不通，食欲不下”（《灵枢·邪气脏腑病形篇》），或“清气在下，则生飧泄，浊气在上则生胀”（《素问·阴阳应象大论。连老认为，脾胃气弱，清气不升而反降为飧泄，当升脾；浊气不降，而反上逆，则生胀，为呕，为吐，为哕，为便团，当降胃。对脾虚小能运化水谷，精微不生，反生湿浊，而为泄泻者，老师治以健脾、化湿祛浊，如香砂六君、参苓白术、资生丸，或温中暖脾，如理中汤。若清阳不能上升而下陷浊气不能下降而上逆，清浊反常，症见脘腹胀满、大便不畅时，应升阳泄浊并举，使中阳升腾，浊阴方可下降，宜补中汤、升陷汤。六腑以通为用胃气以下行为顺，否则传化无由，壅滞为病。对胃失通降，浊气浊阴随之上逆，应通降镇逆，方选旋覆代赭汤、橘皮汤、橘皮竹茹汤，可根据寒热虚实灵活运用。对虚中夹实、寒热互结、痞塞难开者，宜辛开苦降，如半夏泻心汤、甘草泻心汤、生羡泻心汤等。连老强调，脾为阴脏，其用在阳，不升则阳无所用；胃为阳丽，其用在阴，不降则阴无所用。因此，治脾必知其欲升，治胃必知其欲降。察其阴阳，知其升降，明其补泄，才能抓住脾胃病的要点。
统筹攻补，补而勿滞，泻而勿损
经云：“阳道实，阴道虚。”脾为至阴之脏，其病多虚；胃为阳热之腑，其病多实。脾虚证治以健脾补气、温中散寒之法，常用四君、理中之辈。胃实证治以泻热、通下、降气、消导之法，常用白虎、承气之类。连老强调，脾胃病往往虚实夹杂较多，临证不可一概而论。脾虚或兼有湿浊、湿热之实，胃实或亦有气阴之虚。因此，久病或老年体虚病者，每见寒热虚实夹杂，治当寒温并调，虚实同顾，攻补兼施。
脾胃虚证，常以甘药补之，然须把握气机之升降，分清气虚气滞之不同。甘味之品易滞气生满、助湿生痰，常配伍陈皮、佛手、木香、苏梗等导滞又甘能生湿，妨碍运化，凡因湿浊、饮邪阻滞中焦引起的呕吐痞满证，当忌用甘药。胃阴虚正忌滋腻壅塞之剂，宜清补、平补，以达胃健纳旺之目的，常用沙参、麦冬、石斛、玉竹、扁豆之类，补而不腻。如用熟地等滋腻补药时，常酌加陈皮、砂仁、木香等健脾之品，以防粘膩呆滞脾胃。
若胃火蕴结、阳明腑实、脾蕴湿热等实热证候，运用黄连、大黄、龙胆草之类苦寒之药，须详加辨证，否则偾事。若为胃气虚弱，寒凝中焦，误投苦寒方药，则伤阳败胃，或化燥竭阴。此外，胃喜润恶燥，对于木香、砂仁、苍术、厚朴、陈皮等辛香温散之辈，虽有散结消痞之功，用于脾胃气滞、湿阻、食积等证，但若久用重用，也必耗伤胃气。干姜、附子、肉桂等辛热温燥之品，虽有温中散寒之力，然亦不可用之太过，谨防胃之阴津受耗。攻伐之剂，多为峻烈之品，祛邪之力猛，然伤胃之虑亦深，故常佐以草、枣和缓之药，顾护胃气，中病即止，使病退而胃不伤。