资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。
适用于所有公开招标、议标时，业主要求投标人缴纳投标保证金的情况。 招标人为避免投标人在评标过程中改标、撤标，或中标后拒签合同而给自身造成损失，通常都要求投标人缴纳投标保证金，以制约对方行为。投标保函是现金保证金的一种良好的替代形式。
银行保函（Bank guarantee）又称“银行保证书”、“银行信用保证书”，简称“保证书”，银行作为保证人向受益人开立的保证文件。银行保证被保证人未向受益人尽到某项义务时，则由银行承担保函中所规定的付款责任。保函内容根据具体交易的不同而多种多样，在形式上无一定的格式，对有关方面的权利和义务的规定、处理手续等未形成一定的惯例。遇有不同的解释时，只能就其文件本身内容所述来作具体解释。