无菌洁净车间的内部装修要求房间围护结构的空气密封性好，房内无卫生死角，装修材料表面光洁但不反光、耐压力而不起尘、易于清洁、不易发生霉变和长菌、能够适应各种剂和气体熏蒸的腐蚀和紫外线照射。净化厂房墙、顶板材一般多采用50mm厚的夹芯彩钢板制造，其特点为美观、刚性强。圆弧墙角、门、窗框等一般采用专用氧化铝型材制造。
无菌容器和密封件以及灌装封口作业的局部暴露区域内空气的洁净度应达到100级要求，该洁净度下每立方米空气中含有≥0.5靘的粒子数应不得过3500个，空气浮游菌的含量应不得超过5CFU/m3。
无菌操作区域内的100级洁净区内的空气在其使用点处应经过滤器过滤后呈单向流态（层流）输送，流速应满足空气以活塞的方式吹除灌封区内的悬浮粒子的需要。
无尘无菌车间内空气的流动有两种情况：一种是层流的(即室内一切悬浮粒子都保持在层流层中运动);另一种是非层流的(即室内空气的流动是紊流的)。装有一般空调系统的洁净室，室内空气的流动属于非层流(紊流)，既可使空气中夹带的混悬粒子迅速混合，也可使室内静止的微粒重新飞扬，部分空气还可出现停滞状态。
无尘无菌包装分成大包装和小包装两种，前者包装容量为5-220L ，可到1000L，主要供食品厂家进行分装销售;后者包装容量为70-1200ml，供市场销售，直接供应消费者。
无尘无菌包装包括包装材料的无尘无菌、包装产品的无尘无菌、包装环境的无尘无菌和包装后完整封合四个要素.“无尘无菌”表明了产品中不含任何影响产品质量 的微生物,“完整封合”表明了经过适当的机械手段将产品封合到一定容积的包装内,能防止微生物和气体或水蒸汽进入包装。