防止污染是微生物学工作中十分关键的技术。一方面是彻底，另一方面防止污染，是无菌技术的两个方面。另外，还要防止所研究的微生物，特别是致病微生物或经过基因工程改造了的本来自然界不存在的微生物从实验容器中逃逸到外界环境中去。为了这些目的，在微生物学中，有许多措施。
在获得了无菌环境和无菌材料后，还要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究或利用它们的功能，否则外界的各种微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的现象，在微生物学中叫做污染杂菌。
1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。 2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。 3.严防一切器材和培养基污染，已污染者应停止使用。 4.无菌室应备有工作浓度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。
准备工作 1． 先进行无菌室空间的，开启紫外灯30—60分钟 2． 检验用的有关器材， 搬入无菌室前必须分别进会 3． 操作人员必须将手清洗，穿戴好无菌工作衣、帽和鞋，才能进入无菌室 4． 进入无菌室后再一次手部，然后才进行检验操作