在条件较困难的地方，也可以用木制无菌箱代替超净台。无菌箱结构简单，便于移动，箱正面开有两个洞，不操作时用推拉式小门挡住，操作时可以将双臂伸进去。正面上部装有玻璃，便于在内部操作，箱内部装有紫外线灯，从侧面小门可以放进去器具和菌种等。
无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照30分钟。 供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球外表面。 每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。 吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。 接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧，待冷却后，方可接种培养物。 带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的桶内，24小时后取出冲洗。 凡带有活菌的物品，必须经后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。
无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。 需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。 工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
无菌室前，应将所有物品置于操作之部位（待检物例外），然后打开紫外灯30分钟，时间一到，关闭紫外灯待用 进入无菌室前，必须于缓冲间更换过的工作服、工作帽及工作鞋。 操作应严格按照无菌操作规定进行，操作中少说话，不喧哗，以保持环境的无菌状态。 吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管，如吸管碰到手及其它未的物体，必须重 新 更 换 ，以 防污染 。